A l'instar de Jean-Marie Le Pen, Kotoujansky est un adepte des thèses de Thierry Meyssan sur le 11-Septembre. En 2008, il avait envoyé par e-mail à 3000 « cadres politiques, sociaux et culturels de la France » une longue lettre ouverte développant la thèse d'un « complot intérieur » et renvoyant au site conspirationniste ReOpen911.
